在常規的方法中，化學法在許多國家已經明令禁止了，尤其應用在食品方面，因為這樣會會污染食品，有損人體好。其他常規法有比如熱水、蒸汽、熱空氣、紫外線、紅外線、添加劑等，有的是時間太長，有的可能是會有污染。而微波殺菌設備的 優點是 而且速度非常快。因此，微波殺菌是方法中為理想的一種。微波殺菌的原理可以分為兩方面，它既有熱效應的滅菌，又有非熱效應滅菌法，因此它具有雙重的殺菌功能。
    微波殺菌設備加熱的時候，體內的蛋白質、核酸成分等一些分子極性集團，在微波場下高速地旋轉、振動，一方面加熱使蛋白質凝固而死亡。另一方面也可以讓蛋白質、核酸變性而死亡。下面舉個實例說明微波殺菌和保鮮的效果：氣候潮濕，發霉是食品保存的一大嚴重問題，對海綿蛋糕用5-10KW微波照射2分鐘左右，溫度升高到70℃，15天內不發霉，而不用微波處理的在5天內就會發霉。