殺菌是食品生產加工過程中一個非常重要的環節，如不殺菌處理許多微生物能夠導致罐頭食品的敗壞，罐頭食品如殺菌不夠，殘存在罐頭內的微生物當條件轉變到適于其生長活動時，或由于密封不嚴而造成微生物重新侵入時，就能造成罐頭食品的敗壞。通過微波殺菌設備殺菌，可以地防止食品不受病蟲害及霉菌和等微生物的危害，并破壞食品中的酶，使食品貯藏兩年以上而不變質。傳統的食品殺菌工藝，是采用蒸、煮、加熱的方法，利用傳導和對流換熱，熱源從食品的外表向內部傳遞進行加熱，在的溫度作用下，使食品中的微生物達到熱力致死。隨著科技的進步和人們生活及消費水平的提高，對各種食品的總體質量要求越來越高，要求食品不破壞或少破壞營養成分，保持原有的風味。這就對罐頭的殺菌工藝及設備提出了新的要求。近年來，國內外研制開發出了一系列微波殺菌設備的新技術。這些技術與傳統的巴斯德食品殺菌方法相比，不僅避免使用高溫而使食品質量受損害，而且還增強了殺菌效果，提高了食品的質量。我國目前常用的是微波殺菌設備，下面做簡單介紹。
    在相同條件下，微波殺菌設備致死溫度比傳統加熱殺菌低，它不僅具有因生物體吸收微波能量而轉換的熱效應，而且還存在一種非熱效應。熱效應是指生物體吸收電磁波的能量后，體溫升高，從而發生各種生物功能變化。微波作用于食品，食品表面和中心同時吸收微波能，溫度升高。
    微波殺菌設備由附有相應電源設備的微波發生器、波導管連接器及處理室三部分組成。該殺菌處理系統能夠以食品內極其微小的溫度差異，對在連續流動的食品進行快速的加熱處理，在處理室內，微波的能量可以均勻地分布于被處理的食品上，加熱到72~85℃菌溫度時間保持1~8分鐘，而后送入隧道至冷卻室，在貯藏之前將溫度降至15℃以下。微波殺菌設備可以在包裝前進行，也可以在包裝好后進行。